司法机关在适用时，应当注意以下问题：

1．正确理解和适用《刑法》第236条第1款的规定。使用暴力是强奸犯罪的基本特征之一。如果行为人在强奸过程中对被害妇女只有一般殴打、卡脖子等行为，不具有《刑法》第236条第3款规定的情形的，应当按第1款的规定处刑。

2．行为人既实施了强奸妇女行为又实施了奸淫幼女行为的，应当依照《刑法》第236条的规定，以强奸罪，从重处罚，不实行数罪并罚。

3．正确理解和适用《刑法》第236条第3款的规定。行为人具有《刑法》第236条第3款规定的情形之一的，应当处10年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。强奸妇女多人，是指指强奸妇女3人以上（含3人）。“轮奸”，是指2男以上，在一段时间对同一妇女强行奸淫的行为。“致使被害人重伤、死亡”是指在强奸妇女过程中，因使用暴力而直接导致被害人性器官严重损伤，或者造成其他严重伤害，甚至当场死亡或者经治疗无效而死亡。在这种情况下只能定强奸一个罪，按《刑法》第236条第3款的规定处罚，而不能定为强奸罪和故意杀人罪或者故意伤害罪，按数罪并罚原则处罚。既然强奸罪的构成是以使用暴力或者胁迫为客观要件，那么，在实施强奸过程中，就就可能会给被害妇女造成伤害或者死亡的后果，它已包括在强奸犯罪行为之中。但是，如果行为人出于报复、灭灭口、逃跑等动机，在实施强奸行为以后，又将被害妇女伤害或者杀害的，则应分别定为强奸罪、故意伤害罪或者故意杀人罪，按数罪并罚原则处罚。因为，在这种情况下，行为人主观方面不仅有强好的故意，而且有伤害或者杀人的故意；客观方面不仅有强奸的行为，而且有伤害或者杀人的行为。这与在强奸过程中直接导致被害妇女伤害或者死亡，在主、客观方面都是不一样的。

4．严格掌握强奸罪死刑适用标准。“保留死刑，严格控制和慎重适用死刑”是我国一贯的刑事政策，必须保证这一重要刑事政策适用的连续性和稳定性，要以最严格的标准和最审慎的态度，确保死刑只适用于极少数罪行极其严重的犯罪分子，保证更有利、更准确的依法惩治严重刑事犯罪。《刑法》第236条第3款规定了5种可以适用死刑的加重情节或结果。通过对已经生效案件的总结，我们发现强奸案件的死刑主要适用于该款第5项“致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果”之情形。对于以暴力手段或程度相当的非暴力手段造成被害人死亡，或造成被害人重伤导致严重残疾，或造成其他严重后果并且情节特別恶劣的强奸案件，可以考虑适用死刑。而对于不符合第5项规定情形的其他强奸案件是否适用死刑，则要以该款第2项“强奸妇女、奸淫幼女多人”为基准，结合该款第1、4、5项，进行“数量加情节”的综合分析，全面考察被告人的犯罪次数、犯罪手段、犯罪对象、犯罪情节以及被告人的主观恶性、人身危险性等因素，兼顾案案件处理的法律效果和社会效果，综合评判，慎重适用。

5．1997年12月23日《最高人民法院关于对故意伤害、盗窃等严重破坏社会秩序的犯罪分子能否附加剥夺政治权利问题的批复》对本罪附加刑适用作出如下规定：根据《刑法》第56条规定，对于故意杀人、强奸、放火、爆炸、投毒、抢劫等严重破坏社会秩序的犯罪分子，可以附加剥夺政治权利。

6．规范化量刑。《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》对强奸罪的规定是：（1）构成强奸罪的，可以根据下列不同情形在相应的幅度内确定量刑起点：①强奸妇女一人的，可以在三年至六年有期徒刑幅度内确定量刑；②有下列情形之一的，可以在十年至十三年有期徒刑幅度内确定量刑起点：强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；强奸妇女、奸淫幼女三人的；在公共场所当众强奸妇女的；二人以上轮奸妇女的；强奸致被害人重伤或者造成其他严重后果的。依法应当判处无期徒刑以上刑罚的除外。（2）在量刑起点的基础上，可以根据强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣程度、强奸人数、致人伤害后果等其他影响犯罪构成的犯罪事实增加刑罚量，确定基准刑。强奸多人多次的，以强奸人数作为增加刑罚量的事实，强奸次数作为调节基准刑的量刑情节。