何种单位可以成为本罪犯罪主体，乃是一个素有争议的问题。直到1999年6月18日最高人民法院下发了《解释》方初步解决这一问题。《解释》第1条规定：“第30条规定的公司、企业、事业单位，既包括国有、集体所有的公司、企业、事业单位，也包括依法设立的合资经营、合作经营企业和具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位”。根据这一规定可以总结出，能够构成虚开增值税专用发票罪主体的单位有三：其一，国有、集体所有的公司、企业、事业单位；其二，依法设立的合资经营、合作经营企业；其三，具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位。这三种单位中，第一种单位人们认识较为一致，似乎并无太多歧义。现在的问题是如何准确理解“依法设立……具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位”（以下简称私有单位）。
    根据民法理论，一个企业（包括私有单位）要取得法人资格，必须满足以下四个条件：首先，必须依法成立。这里有两重含义：一方面，法人的活动内容必须合法。另一方面，法人的设立程序必须合法。其次，有必要的财产和经费，法人本质上是一种经济实体，财产是其人格的基础，也是其享有民事权利和承担民事义务的基础。法人的关键特征——独立承担民事责任也要靠财产作为物质保障。再次，必须有自己的名称及组织机构和场所。没有名称无以区别彼此；没有健全科学的组织机构难以形成法人意志；没有场所法人难以展开活动。最后，必须能够独立承担民事责任。符合以上条件，履行必要手续，即可取得法人资格。以上标准应当是我们司法实践中正确认定是否“依法设立……具有法人资格”的私有单位的理论准则。因此，符合上述程序要件和内容要件而设立的公司等即可视为“依法设立……具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位”。当然，无论何种所有制性质的公司、企业的设立，都必须符合《公司法》与《企业法人登记管理条例》规定的有关具体条件。
    然而有必要特别指出的是：一些私有企业既有法人资格甚至一般纳税人资格，也有财产、经费、场地、名称，同时拥有承担民事责任的能力，却在注册登记的过程中弄虚作假——如实际只有50万元资金，却夸大为100万元，工商、税务管理部门没作严格审查，（甚至明知故意地）核准其工商登记并给予其一般纳税人资格。这些私有企业既有一定的实际生产，又实施了虚开增值税专用发票的行为，对此行为是按自然人犯罪处理还是按处理?
    对这一问题，我国刑法与相关司法解释均未涉及，理论上目前也尚未见有人论及。司法实践中，有一种观点认为，《解释》中“依法设立的合资经营、合作经营企业和具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位”，必须是百分之百的依法设立或百分之百依法取得法人资格，因此，只要行为人在企业等私有单位登记过程中有弄虚作假行为，即使私有单位取得了法人资格，如果它们实施虚开增值税专用发票犯罪，也只能认定为自然人犯罪。笔者认为，这种观点在理论上是站不住脚的。理由有二：
    首先，《解释》所强调的“依法设立……和具有法人资格……”本质上要求的是非国有或非集体所有企业或单位必须是真实存在的、有实际生产的非“三无”单位。《解释》之所以这样规定，意在将那些真实存在、有实际生产的非国有或非集体所有企业等单位与那些皮包公司或以实施非法活动为基本内容的所谓单位区别开来。将“依法”机械地理解为百分之百的“依法”并不符合司法解释的本意。
    其次，“依法设立……和具有法人资格……”应当包括那些有部分不符合法律、法规要求，但本质上仍不失为合法的情况。换言之，那些真实存在、有实际生产的非国有或非集体所有企业等单位虽然在注册登记过程中有某些违规行为，但只要没有严重到发生质变的程度，仍然应视为“依法设立……和具有法人资格……”的单位。众所周知，民商事法或行政法是具有一定弹性的。例如，我国公司法第206条规定：“违反本规定，办理公司登记时虚报注册资本、提交虚假证明文件或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额5％以上10％以下的罚款；对提交虚假证明文件或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以10000元以上100000元以下罚款；情节严重的，撤销公司登记。构成犯罪的，依法追究刑事责任。”从该条规定来看，对于那些以虚报注册资本、提交虚假证明文件、隐瞒重要事实的方法取得公司登记的，一般情况下是“责令改正”或者处以罚款，其已经取得的公司登记并不必然失效。因此，某一受到“责令改正”或罚款等行政处分的公司，只要没有在公司设立过程中因有“情节严重”的违法行为或“构成犯罪”而被撤销公司登记或被追究刑事责任，则仍然不失为“依法设立”的单位。同时，根据《企业法人登记管理条例》第30条规定：对于那些在办理企业法人登记过程中，企业有隐瞒事实或弄虚作假等不法行为的，主管机关应当根据不同情况分别给予警告、罚款、没收非法所得、停业整顿、扣缴、吊销《企业法人营业执照》的处罚。这也意味着，企业法人资格也并不因为其在登记中有隐瞒事实、弄虚作假等不法行为而必然丧失，只要主管部门没有扣缴、吊销其《企业法人营业执照》，其法人资格仍然合法有效。
    因此，笔者认为，对于那些在设立过程中有部分不符合法律、法规要求，但本质上仍不失为合法的有真实生产的非国有、集体企业以及具有法人资格的私有性质单位，如果它们实施了虚开增值税专用发票的行为，应当认定为单位犯罪而非自然人犯罪。