对于包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体，其焦点在于作为本罪主体的“国家机关工作人员”能否同时是黑社会性质组织的成员问题。对于这一问题，我国学界存在着两种针锋相对的观点：第一种观点持否定说，认为包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体是黑社会性质组织成员以外的国家工作人员。其言下之意是，如果国家机关工作人员成为黑社会性质组织成员后，又实施包庇、纵容黑社会性质组织的行为，已经成为组织、领导、参加黑社会性质组织罪的共犯之一，因此，其犯罪性质也转化为组织、领导、参加黑社会性质组织罪，不能再以包庇、纵容黑社会性质组织罪论处；第二种观点持肯定说，认为包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体只须系国家机关工作人员即可，至于其是否同时为黑社会性质组织成员，在所不问。如果实施包庇、纵容黑社会性质组织行为的国家机关工作人员同时具备黑社会性质组织成员身份，则应以包庇、纵容黑社会性质组织罪与组织、领导、参加黑社会性质组织罪实行并罚。其理由在于：（1）刑法条文没有明确限制本罪主体为非黑社会性质组织成员的国家机关工作人员；（2）身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员实施本罪，与组织、领导、参加黑社会性质组织罪构成牵连犯，按照《刑法》第294条第3款“犯组织、领导、参加黑社会性质组织罪又有其他犯罪行为的，按照数罪并罚的规定处罚”的规定，应以组织、领导、参加黑社会性质组织罪和包庇、纵容黑社会性质组织罪实行并罚；（3）持否定说观点的学者，未能进而指出在本罪主体确系黑社会性质组织成员情况下的法律适用原则及其依据，因而其见解失之含混，故不足取。还有学者从行为人主观方面以及包庇、纵容相分离的角度论证这一问题，认为，（1）在国家机关工作人员包庇其所属的黑社会性质组织的情况下，国家机关工作人员为了不使有关机关或部门发现、惩处自己的组织、领导、参加黑社会性质组织的犯罪或参与本组织的其他违法犯罪活动，而实施包庇行为的，是事后不可罚的行为，不能认定其构成包庇黑社会性质组织罪。如果行为人主观上认为即使有关机关或部门查获了自己所属的黑社会性质组织，自己的罪行也不会败露，而实施包庇行为，就应以包庇黑社会性质组织罪论处。（2）在国家机关工作人员纵容其所属黑社会性质组织进行违法犯罪活动的情况下，如果本组织进行违法犯罪活动和行为人无共谋，应认定为纵容黑社会性质组织罪；如果本组织进行违法犯罪活动和行为人有共谋，则构成其所共谋的犯罪与纵容黑社会性质组织罪的想象竞合犯。
    我们认为，此问题的合理解决，应当既遵循我国刑法学基本理论又符合我国刑法关于黑社会性质组织犯罪的规定，有赖于在对黑社会性质组织犯罪进行深入细致的理解和认识。
    根据我国刑法学关于及黑社会犯罪的理论，我国刑法规定的组织、领导、参加黑社会性质组织罪的突出特点是：
    1．此罪及黑社会性质组织所实施的具体犯罪是必要共犯和复杂共犯，即必然是由互相之间存在着明确分工的数个主体才能构成。因此，黑社会性质组织中的各成员，不论在组织、领导、参加黑社会性质组织罪中所实施的组织、领导、参加行为，及在黑社会性质组织所实施的具体犯罪中，所实施的指挥、策划、实行行为，还是实施包庇、纵容等帮助行为，都是黑社会性质组织所实施的共同犯罪行为的一部分。这些行为虽然具体内容不同，但是它们互相联系互相配合，形成一个有机统一的整体。作为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员，在黑社会性质组织中，其突出的作用和“价值”即为他的国家机关工作人员身份和职责，因而对黑社会性质组织及黑社会性质组织所实施的具体违法犯罪活动进行包庇和纵容，很显然是他在黑社会性质组织中的分工和职责，如前所述，这种分工和职责是黑社会性质组织共同犯罪行为的一部分，依附于黑社会性质组织犯罪行为的整体，相对于黑社会性质组织犯罪行为整体而言，并无独立存在的意义。所以，将分工负责包庇、纵容的作为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员，与分工负责组织、领导或者具体实施犯罪活动的同为黑社会性质组织成员的其他人员，分别认定为包庇、纵容黑社会性质组织罪和组织、领导、参加黑社会性质组织罪和其他犯罪，割裂了包庇、纵容行为与其他黑社会性质组织犯罪行为之间的联系，是错误的。
    2．黑社会性质组织是现阶段我国组织性最强的有组织犯罪。按照全国人大常委会《关于刑法第294条第1款的解释》，黑社会性质组织的组织性特征为：“形成较稳定的犯罪组织，人数较多，有明确的组织者、领导者。骨干成员基本固定。”黑社会性质组织的这种“有明确的组织者、领导者，骨干成员基本固定”的组织性特征明显不同于临时纠合的一般共同犯罪，较之一般犯罪集团，黑社会性质的犯罪组织也更为稳固，组织成员之间的联系也更加密切，可谓“一荣俱荣，一损俱损”。黑社会性质组织的这种组织性特征决定了：
    （1）作为黑社会性质组织成员的分工负责对组织及其成员进行包庇、纵容的国家机关工作人员，实施的包庇、纵容行为，在主观上具有保护黑社会性质组织的安全，防止或阻碍司法机关对黑社会性质组织的查处的目的。在这一目的的支配下，行为人的主观故意的内容是一致的，不能将其分为为了保护自己不被发现和查处和单纯为了黑社会性质组织的安全两种故意内容，并进而将前者认定为组织、领导、参加黑社会性质组织罪的故意，将后者认定为包庇黑社会性质组织罪的故意。
    （2）作为黑社会性质组织成员的分工负责对组织及其成员进行包庇、纵容的国家机关工作人员，实施的不论是包庇行为还是纵容行为，其包庇或者纵容的故意，是黑社会性质组织犯罪共同故意的一部分，具体而言，其内容是在保护黑社会性质组织不被司法机关查处的目的支配下的概括故意，即不论其本人是否参与黑社会性质组织策划、实施的某种具体犯罪活动的共谋，只要是本组织所实施的犯罪，又能够利用国家机关工作人员的身份和职责履行其在黑社会性质组织中的包庇、纵容、保护的“职责”，就会在组织安排之下实施包庇、纵容行为。
    事实上，即使作为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员没有参与组织策划、实施的某种具体犯罪的共谋，其对于其他组织成员策划、实施的具体犯罪的帮助作用也十分明显。这种帮助在黑社会性质组织策划、实施具体犯罪事前或者事中主要体现为精神鼓励，因为对于被包庇、纵容的黑社会性质组织的其他成员而言，在实施组织所安排的具体犯罪活动之前就知道有本组织成员在事中或者事后进行包庇、纵容，解决“后顾之忧”，其策划、实施的具体犯罪活动就会更加大胆、无所顾忌。在黑社会性质组织其他成员开始实施具体犯罪活动之后，负责包庇、纵容的国家机关工作人员的帮助作用就由精神鼓励转变为实际的包庇、纵容活动。
    因此，认为只有参与具体犯罪活动共谋的情况下，才能构成纵容黑社会性质组织罪的观点，忽视了作为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员的纵容行为与黑社会性质组织所实施的具体犯罪之间的主观与客观的联系，亦不足取。
    3．由黑社会性质组织“有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方”的行为特征和《刑法》第294条第3款“犯组织、领导、参加黑社会性质组织罪又有其他犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚”的规定所决定，黑社会性质组织犯罪必然呈现数罪形态，只有通过长期的、不断的“有组织地进行违法犯罪活动”，黑社会性质组织才能谋求、维持、巩固其“称霸一方”的状态，在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响。在黑社会性质组织长期进行违法犯罪活动，谋求、维持、巩固其“称霸一方”状态的过程中，身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员对黑社会性质组织的包庇、纵容，包括对黑社会性质组织本身的包庇，但更为常见的是对黑社会性质组织及其成员所实施的违法犯罪活动进行的包庇、纵容。如前文所述，因为对黑社会性质组织实施的违法犯罪活动进行包庇、纵容，是身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员在黑社会性质组织犯罪中的分工和“职责”，是黑社会性质组织共同犯罪行为的一部分，所以，在这种情况下的包庇、纵容行为既不是不可罚的事后行为，也不是与黑社会性质组织所实施的共同犯罪行为相分离的独立的包庇、纵容行为，而是黑社会性质组织共同犯罪行为中的帮助行为。行为人加入黑社会性质组织，已经构成组织、领导、参加黑社会性质组织罪，进而行为人又实施了包庇、纵容行为，如果行为人所包庇、纵容的行为已经构成犯罪，则行为人又构成其所包庇、纵容的犯罪的共犯，按照《刑法》第294条第3款的规定，对行为人应以组织、领导、参加黑社会性质组织罪与其所包庇、纵容的犯罪实行数罪并罚。
    对包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体国家机关工作人员能否同时是黑社会性质组织成员持肯定态度的学者认为，（1）《刑法》第294条第3款“犯组织、领导、参加黑社会性质组织罪又有其他犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚”的规定中的“其他犯罪行为”理应含有包庇、纵容黑社会性质组织罪，因而如果身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员包庇、纵容本组织的，则应以组织、领导、参加与包庇、纵容黑社会性质组织罪并罚；（2）身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员，如果参与本组织具体违法犯罪活动的共谋，则一方面行为人与其他参与违法犯罪活动的成员构成违法犯罪活动的共犯，另一方面其纵容行为也构成了纵容黑社会性质组织罪，对此应作为想象竞合犯处理。
    我们认为，上述两种观点均未能正确地区别独立的包庇、纵容黑社会性质组织行为与作为黑社会性质组织共同犯罪行为一部分的包庇、纵容行为。事实上，如果前述观点成立，则行为人包庇、纵容的实际上是自己的（自己参加的）违法犯罪行为，这显然是错误的。
    尽管《刑法》第294条第4款关于包庇、纵容黑社会性质组织罪的规定，没有像《刑法》第310条包庇、窝藏罪那样，明确将身为黑社会性质组织的国家机关工作人员（事先通谋的，以共同犯罪论处）排除出包庇、纵容黑社会性质组织罪（包庇、窝藏罪）的主体范围之外，但是，包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体不包括身为黑社会性质组织成员，是根据我国刑法共同犯罪及黑社会犯罪理论的当然结论。上述《刑法》第294条第4款与《刑法》第310条第2款在规定方式上的不同，不能得出刑法对包庇、纵容黑社会性质组织罪和包庇、窝藏罪态度不一的结论。这与《刑法》第382条第3款规定非国家工作人员可以成为的共犯，而《刑法》第385条没有规定非国家工作人员可以成为共犯，但按照刑法学理论及刑法总则关于共同犯罪的规定，非国家工作人员同样可以成为受贿罪共犯的道理是一样的。
    综上所述，我们认为，身为黑社会性质组织成员的国家机关工作人员不能成为包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体。如果国家机关工作人员加入黑社会性质组织之后，又实施包庇、纵容本组织的行为，应以组织、领导、参加黑社会性质组织罪和其所包庇、纵容的犯罪实行数罪并罚。
    关于包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体，还有以下两个问题值得予以特别研究：
    1．行为人没有加人黑社会性质组织，但与黑社会性质组织事先通谋，事中或者事后又实施了包庇、纵容黑社会性质组织的行为，应如何处理?
    对于这一问题，有学者认为，国家机关工作人员事先通谋，事后包庇、纵容的，不能构成包庇、纵容黑社会性质组织罪，而是一种共同犯罪行为，对行为人应以组织、领导、参加黑社会性质组织罪论处。
    我们赞同这种情况不应以包庇、纵容黑社会性质组织罪论处，而是构成共同犯罪的观点，但是，我们认为，这种情况不应构成组织、领导、参加黑社会性质组织罪，而是构成行为人所包庇、纵容的具体犯罪活动的共犯，应以其所包庇、纵容的具体犯罪论处。因为黑社会性质组织的有组织性强，已经形成较稳定的犯罪组织，人数较多，而且有明确的组织者、领导者，骨干成员基本固定，行为人仅仅是参与黑社会性质组织所实施的具体犯罪活动，并不能就认为已经成为黑社会性质组织成员，故不能构成组织、领导、参加黑社会性质组织罪。但是，行为人是在与黑社会性质组织事先通谋的情况下实施的包庇、纵容行为，已经与黑社会性质组织在其实施的具体犯罪层次上形成了共犯关系，因而，对于这种情况，应当认为为人构成其所包庇、纵容的具体犯罪论处。
    如果行为人事先通谋和事中或者事后包庇、纵容的是黑社会性质组织实施的违法行为，因为此时实施违法实行行为的黑社会性质组织成员不能构成犯罪（仅指其实施的此次违法行为而言），则对仅仅是实施违法帮助行为的行为人不宜以犯罪论处。
    2．行为人实施包庇、纵容黑社会性质组织行为之后，又加入同一黑社会性质组织，并继续实施包庇、纵容黑社会性质组织行为的，应如何处理?
    这种情况行为人虽然前后均实施了包庇、纵容行为，但实施前后数个包庇、纵容行为的身份已经发生变化，即实施前一包庇、纵容行为时其身份为非黑社会性质组织的国家机关工作人员，相应地，此时其包庇、纵容的故意以及在这一故意支配下的所实施的包庇、纵容行为具有独立的意义，与黑社会性质组织犯罪的故意和行为之间的区别也十分明显，而在实施后一包庇、纵容行为时其已经成为黑社会性质组织的成员，其包庇、纵容的故意和行为也已经成为黑社会性质组织共同犯罪故意及共同犯罪行为的组成部分，丧失了独立意义，因此，我们认为，对于加入黑社会性质组织前后的包庇、纵容行为应分别定罪，即将加入黑社会性质组织之前所实施的包庇、纵容黑社会性质组织行为，认定为包庇、纵容黑社会性质组织罪，将加入黑社会性质组织之后的包庇、纵容行为，认定为其所包庇、纵容的具体犯罪，并与组织、领导、参加黑社会性质组织罪并罚。