1．关于本罪的罪过形式
    对于包庇、纵容黑社会性质组织罪的罪过形式，我国学界大多数学者均认为本罪的罪过只能是故意，过失不能构成本罪。但是，也有少数学者认为，对于纵容黑社会性质组织的，既可能出于放任的故意心理状态，也不排除因玩忽职守、不尽职责的过失心理状态，而导致放任的结果。
    值得注意的是，在认为本罪的罪过形式只能是故意的观点中，对包庇行为和纵容行为的主观方面，大多数学者没有加以区别，认为这两种行为的主观心理态度都既包括直接故意，又包括间接故。
    我们赞同本罪的罪过形式只能由故意构成，过失不能构成本罪的观点。但是，我们认为，对于本罪的主观方面，尚可在此观点的基础上进一步深究。
    （1）包庇黑社会性质组织行为的主观心理态度
    对于包庇黑社会性质组织行为而言，因为包庇是指国家机关工作人员为使黑社会性质组织及其成员逃避查禁，而通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举揭发、指使他人作伪证，帮助逃匿，或者阻挠其他国家机关工作人员依法查禁等行为，包庇黑社会性质组织行为的含义，明确指出了行为人包庇行为的目的在于“为使黑社会性质组织及其成员逃避查禁”，包庇行为的这种犯罪目的的存在，不仅使包庇行为不可能出自“应知而实际不知”的无认识过失以及“已知但轻信能够避免”的有认识过失心理态度，而且也排除了放任的间接故意。按照我国刑法学理论通说，犯罪目的只能存在于直接故意之中，间接故意没有犯罪目的存在的余地。只要行为人主观上以使黑社会性质组织及其成员逃避查禁为目的，并在此目的支配下实施包庇行为，其故意的意志因素就只能是希望并追求，不可能是听之任之的放任，所以，包庇黑社会性质组织罪的罪过形式只能是直接故意，不能是间接故意，也不能是过失。
    （2）纵容黑社会性质组织行为的主观心理态度
    对于纵容黑社会性质组织行为而言，首先需要肯定的是，纵容行为不能出于过失的心理态度。理由是：
    第一，纵容黑社会性质组织的行为是指国家机关工作人员不依法履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为，即“纵容”行为的中心含义在于放纵违法犯罪活动。对于具有查禁黑社会性质组织职责的国家机关工作人员来说，只有知道黑社会性质组织正在实施或者已经实施违法犯罪活动（包括可能正在实施或者可能已经实施违法犯罪活动），不依法行使职责，才是放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动。因此，知道（明知）黑社会性质组织正在实施或者已经实施违法犯罪活动是纵容黑社会性质组织行为的前提。纵容行为这一前提的存在，实际上使得纵容行为不可能出于疏忽大意的过失，因为疏忽大意的过失恰恰是行为人不知道自己的行为的结果（应当预见而没有预见）。同时，纵容行为这一前提的存在，也使纵容行为出于过于自信的过失成为不可能，因为尽管在过于自信的过失中，行为人已经预见自己的行为的结果，但对这种结果存在认识错误，即轻信能够避免，而纵容行为知道（明知）黑社会性质组织正在实施或者已经实施违法犯罪活动这一前提的存在，使行为人对自己的不依法履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动根本不可能轻信可以避免。
    第二，按照我国《刑法》第15条的规定，要求只有发生危害结果的，才能构成。《刑法》第15条所谓的“结果”，按照我国刑法学理论通说，应当是指实害结果。但是，纵容黑社会性质组织罪，按照《刑法》第294条第4款的规定，却是一个典型的行为犯。刑法对纵容黑社会性质组织罪行为犯的规定，也说明了纵容黑社会性质组织罪排除过失罪过形式的存在。
    纵容黑社会性质组织行为，与包庇黑社会性质组织的行为相比，其行为方式为不作为，主动性较差，只是行为人消极地对黑社会性质组织进行的违法犯罪活动坐视不管，不履行或者不依法履行其职责。因此，纵容行为的行为方式和行为内容反映了行为人的主观心理态度既包括直接故意，也包括间接故意两种形式。在实践中，既有行为人为了保护黑社会性质组织及其成员，而与黑社会性质组织进行配合的情况，此时，行为人的主观心理态度为直接故意；也有行为人慑于黑社会性质组织的淫威，对黑社会性质组织的违法犯罪活动放任不管的情况，此时，行为人的主观心理态度为间接故意。
    2．关于本罪故意认识因素“明知”的理解和判断
    如前所述，包庇黑社会性质组织行为和纵容黑社会性质组织行为的罪过形式虽然略有不同，前者只能是直接故意，后者既可以是直接故意，也可以是间接故意，但是，这两种行为的主观故意的认识因素都要求行为人明知是黑社会性质组织而予以包庇、纵容。然而，在实践中，判断某犯罪组织是否为黑社会性质组织较为复杂困难，而且实施包庇、纵容黑社会性质组织的行为人往往借口不知道其所包庇、纵容的犯罪组织为黑社会性质组织，因此，在包庇、纵容黑社会性质组织罪的司法实践中，证明行为人“明知”其所包庇、纵容的犯罪组织为黑社会性质组织经常成为困扰司法机关的难题。
    对于这一问题，有学者认为，对包庇、纵容黑社会性质组织罪行为人明知的内容应作宽泛的理解，即只要行为人在实施包庇、纵容行为时明知其所包庇、纵容的是一个犯罪组织或犯罪组织所实施的违法犯罪活动，一旦该犯罪组织日后被认定为黑社会性质组织的，即可构成包庇、纵容黑社会性质组织罪，而不要求行为人在行为当时一定要认识到其所包庇、纵容的是黑社会性质组织。
    我们认为，上述观点值得商榷。我们同意对包庇、纵容黑社会性质组织罪行为人明知的内容作宽泛的理解，但是问题是应当宽泛到何等范围。犯罪组织比黑社会性质组织外延宽泛得多，除了黑社会性质组织之外，犯罪组织至少还应包括一般犯罪集团、恐怖活动组织，甚至犯罪团伙。如果对行为人“明知”仅仅要求其明知所包庇、纵容的是一个犯罪组织，实际上，也就是说行为人对黑社会性质组织的性质并不“明知”，即使日后该组织被认定为黑社会性质组织，我们仍然不能就此认定行为人在行为当时对包庇、纵容的是黑社会性质组织是“明知”的，因此，仅仅要求行为人明知其包庇、纵容的是一个犯罪组织，其实是以司法机关事后对犯罪组织性质的认识和判断代替行为人本人在行为当时对被包庇、纵容的犯罪组织性质的认识和判断，是对“明知”的考察和证明的放弃。而在缺乏“明知”情形下以包庇、纵容黑社会性质组织罪追究行为人的刑事责任，从本质上讲，是一种客观归罪的表现，违背主客观相统一的刑法原则。
    事实上，在我国刑法中，类似于包庇、纵容黑社会性质组织罪中行为人对包庇、纵容的是黑社会性质组织的“明知”的犯罪，还有包庇、窝藏罪，拒绝提供间谍犯罪证据罪，窝藏、转移、收购、销售赃物罪，，非法收购盗伐、滥伐的林木罪等等。此类犯罪主观方面的显著特点是，其主观方面的“明知”，包括两个层次：行为人首先须有对事实的“明知”，例如，在包庇、纵容黑社会性质组织罪中行为人对黑社会性质组织性质的“明知”，在窝藏、转移、收购、销售赃物罪中行为人对窝藏、转移、收购、代为销售的是赃物的“明知”，在对事实的“明知”的基础上，其次行为人还须有对自己行为的“明知”，即刑法总则第14条规定的“明知自己的行为会发生危害社会的结果”。在这两个层次的“明知”中，前一个对事实的“明知”是后一个对自己行为的“明知”的前提和基础，没有前一个“明知”就不可能有后一个“明知”。
    对于此类犯罪第一个层次“明知”的内涵，我国刑法学界与司法实践总的发展趋势是趋于宽泛，一般认为，这种“明知”的内容，不仅限于对相关事实的确定性认识，而是既包括对相关事实的确定性认识，也包括对相关事实的可能性认识，即“明知”不等于“确知”，而是可以是“确知”，也可以是“可能知道”。具体到包庇、纵容黑社会性质组织罪而言，行为人对所包庇、纵容的是黑社会性质组织的“明知”，可以是确实知道该组织是黑社会性质组织，也可以是可能知道该组织是黑社会性质组织。
    上述对包庇、纵容黑社会性质组织罪主观方面“明知”内涵的确定，结合黑社会性质组织犯罪的自身特点，使得在司法实践中，司法机关判断和证明行为人“明知”包庇、纵容的是黑社会性质组织成为可能。（1）包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体为国家机关工作人员，素质相对较高，对社会现象的认识和理解能力高于社会一般水平，并且从包庇、纵容行为的内容来看，能够实施包庇行为的国家机关工作人员一般都是其职务或职责与查禁和惩处黑社会性质组织相关的领导干部或者司法工作人员，而能够实施纵容行为的国家机关工作人员，应当是具有查禁惩处职责的国家机关工作人员。这些人了解、熟悉国家反“黑”的法律法规和政策的具体内容，在不同程度上掌握国家或者本地区社会情况及黑社会性质组织犯罪状况，因而对自己所包庇、纵容的犯罪组织是否是黑社会性质组织应当有一定的认识和判断。（2）黑社会性质组织欲谋求对社会的控制力，而刑法和全国人大常委会的立法解释要求，构成黑社会性质组织须“有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方”，“在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响”，其采用的手段为“以暴力、威胁或者其他手段，为非作恶，欺压、残害群众”，因此，黑社会性质组织及其所实施的违法犯罪活动，不同于流窜犯罪和一般的犯罪团伙，其组织在地域上具有固定性特点，在其实施的违法犯罪活动上具有一定的公开性特点，这就为身为国家机关工作人员的行为人认识到自己所包庇、纵容的是（可能是）黑社会性质组织提供了一定的条件。
    在司法实践中，判断行为人对包庇、纵容的是黑社会性质组织的“明知”，可以从行为人对所包庇、纵容的黑社会性质组织情况的知情、了解程度，与黑社会性质组织的组织者、领导者及其他成员的关系密切程度，所包庇、纵容的黑社会性质组织实施的违法犯罪活动的性质、次数、行为表现等多方面事实，全面综合考察全案事实、情节，加以认定，不能先人为主，但是有证据证明确属对黑社会性质组织不知情或者被蒙骗的除外。