阻碍执行军事职务罪侵犯的客体是指挥和值班、值勤秩序。
    我军是高度集中统一的武装集团，军队的指挥工作和值班、值勤制度对于军队保持高度的集中统一，维护正常的内部秩序，保证自身安全，充分发挥职能作用，具有重要的意义。指挥人员和值班、值勤人员在执行职务时，担负着特殊的职责，责任重大。如果他们正常履行职责的活动受到严重干扰，将导致部队指挥失控，内部秩序混乱，难以完成作战、战备、训练及其他各项任务。因此，对指挥人员和值班、值勤人员履行职责的活动必须给予特殊的法律保护。如《内务条令》第195条规定了警卫人员要“提高警惕，认真履行职责，确保首长、机关、部队和装备、物资、重要军事设施的安全，防止遭受袭击和破坏”。同时在第199条还明文规定“卫兵不容侵犯。一切人员必须执行卫兵按照卫兵勤务规定所提出的要求”。以暴力、威胁方法阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务的行为，严重破坏了指挥和值班、值勤秩序，导致指挥人员和值班、值勤人员无法正常履行职责，将造成严重的危害后果，必须给予严厉的法律制裁。
    妨碍公务罪侵犯的是复杂客体，其中，国家的正常管理活动是其主要客体，国家机关工作人员、红十字会工作人员的人身权利是其随机客体。 侵犯了国家的正常管理活动。任何一个国家欲求得稳定有序的存在与发展，都必须享有一系列的管理职能，进行一系列的管理活动，而这些管理活动通常是通过国家机关等组织机构中的工作人员依法执行职务、履行职责来实现的。因此，妨害国家机关工作人员和红十字会依法执行公务的犯罪行为，必然是对国家正常管理活动的干扰和破坏。这是本罪社会危害性的重心所在，也是本罪区别于单纯侵害公务人员人身、财产的犯罪行为的关键所在。妨害公务罪通常还侵犯国家机关工作人员以及红十字会工作人员的人身权利。本罪之构成必须以行为人使用暴力、威胁手段为要件。而在行为人以暴力、威胁手段妨害公务时，其所造成的害结果除了能使被妨害的国家机关工作人员或红十字会工作人员的公务活动受到干扰无法正常进行，从而给国家的正常管理活动造成不利影响外，也必然会给上述公务人员的身体健康或者其他人身权利造成侵害。本条第4款规定，故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务的，即使未使用暴力、威胁方法，只要造成严重后果的，也构成本罪。