阻碍执行军事职务罪侵害的客体是指挥和值班、值勤秩序。
    我军是高度集中统一的武装集团，军队的指挥工作和值班、值勤制度对于军队保持高度的集中统一，维护正常的内部秩序，保证自身安全，充分发挥职能作用，具有重要的意义。指挥人员和值班、值勤人员在执行职务时，担负着特殊的职责，责任重大。如果他们正常履行职责的活动受到严重干扰，将导致部队指挥失控，内部秩序混乱，难以完成作战、战备、训练及其他各项任务。因此，对指挥人员和值班、值勤人员履行职责的活动必须给予特殊的法律保护。如《内务条令》第195条规定了警卫人员要“提高警惕，认真履行职责，确保首长、机关、部队和装备、物资、重要军事设施的安全，防止遭受袭击和破坏”。同时在第199条还明文规定“卫兵不容侵犯。一切人员必须执行卫兵按照卫兵勤务规定所提出的要求”。以暴力、威胁方法阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务的行为，严重破坏了指挥和值班、值勤秩序，导致指挥人员和值班、值勤人员无法正常履行职责，将造成严重的危害后果，必须给予严厉的法律制裁。侵害的客体是社会秩序。这里所说的社会秩序不是广义的一般的社会秩序，而是指特定范围内的社会秩序，具体是指国家机关与人民团体的工作秩序，企业单位的生产与营业秩序，事业单位的教学与科研秩序。侵犯的对象是国家机关、企事业单位和人民团体。