二者的区别在于主观方面不同。商检失职罪出于过失，而前者则是出于故意。同属应当检验进出口商品而不检验的行为，如果行为人明知不合格或者可能不合格而放任国家利益遭受损失的，则属明知，如果为了徇私，对之就应以后罪即商检徇私舞弊罪治罪。反之出于过失，即虽知道被检商品有可能不合格并因此可能造成国家利益遭受重大损失。但根据进出口双方的品质、信誉等各种因素，轻信能够避免，结果发生了严重后果的，此时，则应以商检失职罪论处。

更多关于商检失职罪的相关问题详见：http://www.scxsls.com/a/20110701/18872.html