肯定说认为，国家机关具备单位的特征，并且事实上，完全能够以单位的名义实施犯罪。以机关的名义，为了本机关的不正当利益而实施的犯罪，与利用机关名义谋取个人利益实施犯罪有所不同，对前者可以视为。对此，有学者补充指出，权力机关应当除外。而否定说则主张，应把一切国家机关除外。理由是：（1）国家机关代表国家行使管理职能，它的活动体现的是国家意志，这种意志与犯罪意志不能共存，因而国家机关中自然人的犯罪行为不应该认为是国家机关的犯罪，否则必然得出国家犯罪的结论。将代表国家行使职权的国家机关作为犯罪主体，不利于树立国家机关的权威，不利于国家机关履行职能。（2）机关的财产来源于国库，对单位判处等于国家自我处罚。即使对机关处以刑罚，也等于把金钱从一个口袋装入另一个口袋，没有实际意义。（3）实践中，曾发生过多起机关犯罪的案件，如丹东、烟台、海南汽车走私案，处理这些案件时，均只是追究有关直接责任人员的刑事责任，并未追究机关的刑事责任。（4）从国外情况看，即使是西方国家最早在上承认法人犯罪并追究其刑事责任的英国、美国等英美法系国家，也没有把国家机关作为犯罪主体；法国是大陆法系国家中惟一在刑法典中规定单位犯罪的国家，但它在第121—2条中明确排除了国家机关作为犯罪主体的可能性，仅对地方行政部门及其联合团体在从事可订立公共事业委托协议的活动中实施的犯罪可以追究刑事责任。
    笔者认为，任何国家机关，都不等于国家的整体，正如机器零件不等于机器一样。从总体上看，国家要惩治犯罪，当然自己不可能犯罪，也不可能有犯罪意志。但是，具体机关总是由人来掌握的，他们违背国家意志，把机关引入歧途，为机关小集体的利益而损害国家这一大集体的利益，在实践中是完全可能发生的。故在笔者看来，国家机关能否实施犯罪是一回事，刑法上应否规定则是另一回事，两者不可简单等同。机关是由人所组成并由人来具体管理的，因而机关的宗旨完全可能被行为人所背离。既然为某种正当、合法宗旨而设立的其他企业、事业单位、团体可以存在犯罪意志，代表国家行使社会管理职能的国家机关难道就不可能产生犯罪意志吗?尽管如此，笔者认为，将机关纳入单位犯罪的范畴，在法理上可说是有利有弊。具体而言，其利在于，向社会昭示，一切单位均应遵守法律，违法必究，即使是国家机关，同样没有违法犯罪的特权，这有利于表明国家维护法律权威与尊严的鲜明立场和坚定信念。但仔细思考不难发现，其也确实存在着否定说所提及的上述诸种弊端。两相权衡，弊大于利。因此，笔者赞成将来取消机关作为单位犯罪主体的规定，而不是对机关作限制解释。当然，罪预防的角度考虑，随着国家机关管理体制的日趋完善，行政机关不准经商，严格执行“收支两条线”，这可以说是防止国家机关犯罪的有效措施。通过上述措施，使得国家机关除了国家划拨的办公经费以外，没有经济来源，实际上国家机关也就丧失了承担刑事责任的能力，因而就不可能成为单位犯罪的主体。值得一提的是，不将机关单位作为刑法中的单位犯罪主体，并不意味着机关不能作为诉讼主体，行政诉讼以及民事诉讼中机关单位都可以成为被诉的主体。笔者认为，上述问题是在两个不同的层面展开的，不应混同。至于说机关单位犯罪与个人犯罪的区别，在一部分人看来，似乎不为个人牟取私利，就不能认定为个人犯罪，其实，这并不能成为规定机关犯罪的理由。牟取个人私利，并不是决定一切个人犯罪的必要因素。在司法实践中，为了单位的不法利益，领导集体决定、组织实施盗窃其他单位财物的，以处罚个人并无不妥。