组织、领导、参加恐怖活动组织罪是典第120条规定的一种危害公共安全犯罪。黑社会性质组织与恐怖组织都是特殊的犯罪组织，存在一些共同之处：如组织成员较多；具有一定的组织性；都具有极大的社会危害性；等等。二者的主要区别在于：
1．犯罪目的不同。黑社会性质组织最根本的目的是追求非法的经济利益；而恐怖活动组织则是以恐吓、要挟社会作为其主要的目的，这一目的是通过制造不安定因素，进行恐怖活动，制造社会恐怖气氛，从而引起民众恐慌、社会骚乱和不稳定来实现的。
2．涉及的势力范围不同。为了称霸一方，黑社会性质组织一般都有较为固定的势力范围，控制一定的区域或者行业；而恐怖组织往往具有明显的国际化和跨国性特点，一般没有固定的势力范围，其活动也不限于特定的区域或行业，犯罪的破坏性更强，给社会带来的危害更大。
3．实现组织之目的的方式不同。恐怖组织之目的的实现主要依赖其组织自身的力量，是单打独斗。而黑社会性质为实现非法经济利益，往往通过组织自身的暴力行动，或者通过与政权力量相勾结来获取。黑社会性质组织为了逃避打击，扩充实力，经常采用贿赂、威胁等手段，引诱、逼迫国家工作人员参加其活动，为其提供非法保护，或者由其组织成员直接渗透到国家机关及社会管理部门，为其组织的存在和发展提供保护和支持，以称霸一方、为非作恶、欺压和残害群众，实现对社会的非法控制。
4．侵害对象不同。恐怖组织实施恐怖行为主要针对无辜的平民目标，以实现其恐吓、要挟社会的目的；而黑社会性质组织侵害的则主要是影响其经济利益实现的对象，有时也针对个别无辜的群众，但往往是次要的。
5．社会危害程度有所差别。恐怖组织实施恐怖活动，严重危害公共安全和扰乱社会秩序；而黑社会性质的组织危害的则是特定地域范围内的正常的社会管理秩序，从总体上讲，其社会危害程度要小于前者。
6．组织结构不同。恐怖组织往往采取军事化的训练方式，拥有一定的武装力量，为达到制造恐怖和逃避制裁的目的，形成了严密的防护体系，实为一种准军事化的组织，不同于企业化和封建帮会化的黑社会性质组织。