犯本罪的，组织、领导恐怖活动组织的，处十年以上，并处；积极参加的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处；其他参加的，处三年以下有期徒刑、、或者，可以并处罚金。

本条第2款规定，犯前款罪并实施杀人、爆炸、绑架等犯罪的，依照数罪并罚的规定处罚。

司法机关在依照本条第1款规定处罚时，应当注意根据案件的不同情况，区别对待，体现政策。上述规定，既体现了对恐怖组织的组织者、领导者和积极参加者依法从严处罚的精神，也体现了对一般参加者从宽处罚的精神。从司法实践的情况看，参加恐怖活动组织的人员往往情况比较复杂，处理时应当注意贯彻打击少数、争取教育多数的政策精神。打击的重点是恐怖活动的组织者、领导者。对于那些因不明真相而参加恐怖活动组织，一经发觉即表示脱离关系，实际上停止参加恐怖组织活动或者只是参加了一般性活动的；对于被煽惑、利利诱参加恐怖组织，但没有积极行动的；对于被胁迫参加恐饰活动组织，罪行轻微的等，均应在3年以下处刑。