1、指使部属违反职责罪所侵害的是军队中正当行使指挥权的秩序，而所侵害的是工矿企业的安全生产秩序。
    2、在犯罪的客观方面，指使部属违反职责罪表现范围比较广泛，并未局限在违反哪一方面的职责，而重大责任事故罪表现范围相对较窄，限定在生产作业过程中。
    3、指使部属违反职责罪的主体是军队中各级首长和指挥人员，而重大责任事故罪的主体是企业的生产管理人员。
    另外，为了体现军法从严的原则，指使部属违反职责罪的法定刑要比重大责任事故罪的法定刑要重。在具体案件中，这两种犯罪可能发生犯罪竞合现象，即军队工矿企业事业单位的管理人员在生产过程中，指使部属实施违反职责的行为，如军械修理所的所长在维修火炮过程中，指使维修人员不按操作程序进行检修，以致发生严重事故的。对这种情况，应按处理想象竞合犯的原则，以指使部属违反职责罪论处。