我国学界的通说认为，犯罪客体是指刑法所保护而为犯罪行为所侵犯的社会主义的社会关系，犯罪客体是犯罪构成必备的四个要件之一。犯罪客体有一般客体、同类客体、直接客体之分。直接客体是指某一种犯罪直接侵犯的社会主义的社会关系，它直接决定了犯罪的性质。而直接客体又有复杂客体和简单客体之分。我们在这里主要讨论的是妨害作证罪的直接客体。
对于本罪侵犯的直接客体，学界存在一定争议。第一种观点为简单客体说，认为本罪只侵犯了司法机关的正常诉讼活动。这是少数学者的观点。第二种观点为复杂客体说，这为多数学者所支持。他们认为本罪侵犯的直接客体是复杂客体，其中主要客体是司法机关正常的诉讼活动。但对于本罪侵犯的次要客体是什么，则有不同观点：（1）作证权利说，认为本罪侵犯了公民依法作证的权利；（2）人身权利说，认为本罪侵犯了公民的人身权利；（3）证据制度说，认为本罪侵犯了证据制度。
我们同意第一种观点，第二种观点的三种主张都是值得商榷的。简要评述如下：
第二种观点认为本罪侵犯的直接客体是复杂客体，这较之简单客体说似乎更为科学，更能在犯罪客体方面起到区分此罪和彼罪的作用。但是，前述三种对本罪次要客体的界定都是值得讨论的。
1．作证权利说。
该观点对次要客体的概括不够全面准确，且表述本身就不够严谨，容易让人产生歧义。我国第48条第1款规定：“凡是知道案件情况的人，都有作证的义务。”民事诉讼法第70条规定：“凡是知道案件情况的单位和个人，都有义务出庭作证……”行政诉讼法对此虽未作规定，但上述规定的精神也是适用的。这表明，依法作证是法律赋予我国公民必须承担的一项义务，是不可以放弃的，而不是权利。在许多国外的刑事诉讼法中，还规定了有义务作证而拒不作证，应负的法律责任，甚至包括了刑事责任。然而，该论者却认为本罪侵犯了公民依法作证的权利，这与有关法律规定和通行的诉讼法理论相悖，让人匪夷所思，难以理解。不过，笔者揣测该论者的本意在于：根据权利与义务相一致的原则，法律在要求公民履行依法作证义务的同时，也必然赋予证人一定的权利，本罪恰是对这些权利的侵犯。从这个意义上说，本罪的次要客体似可表述为公民依法作证所享有的权利。但即使作这样的理解，也仍然是不够全面和准确的。根据我国有关法律规定，证人依法享有的权利主要有：第一，要求司法机关提供人身安全保障的权利；第二，使用本民族语言文字提供证言的权利；第三，客观、充分提供证据的权利；第四，依法对司法人员的侵权行为提出控告的权利；第五，刑事诉讼中的证人在侦查期间要求对其姓名保守秘密的权利；第六，要求及时得到出庭作证通知的权利；等。在这些权利中，与本罪有关的只有第一项，即要求司法机关提供人身安全保障的权利。所以，虽然将本罪侵犯的次要客体修正为“公民依法作证所享有的权利”较之原先的提法更为科学严谨，但是仍然显得过于宽泛，难以用来区分此罪和彼罪。而且，关键问题在于，犯罪的直接客体应该是从司法实践中所呈现的某种犯罪纷繁复杂的事实状况中抽象出来的具有一般意义和普遍适用性的犯罪性质的界定。理论上归纳出的某种犯罪的客体应该是符合该罪构成要件的所有犯罪行为都必然侵犯的，这是犯罪客体作为犯罪构成必备要件的内在要求。以为例，行为人无论采用何种手段杀人，都必然侵犯了他人的生命权利。但从本罪的罪状来看，一方面，本罪的犯罪对象除了证人，还包括“他人”；另一方面，犯罪手段除了侵犯人身安全的暴力、威胁手段，还有并未侵犯他人人身安全的贿买手段。很显然，“公民依法作证所享有的权利”并不能被实践中符合本罪构成要件的所有犯罪行为必然侵犯。因此，认为本罪侵犯的次要客体是“公民依法作证所享有的权利”同样是欠妥当的。综上，笔者认为，试图从公民依法作证所享有的权利的角度来界定本罪的次要客体是行不通的。
2．人身权利说。
该观点和作证权利说犯了相似的错误。以贿买手段阻止证人作证或者指使他人作伪证的行为没有侵犯公民的人身权利。也就是说，并不是所有妨害作证的行为都必然侵犯公民的人身权利。前已述及，这不符合犯罪客体作为犯罪构成要件的内在要求。
3．证据制度说。
该观点没有认识到主要客体和次要客体的区别，也是不妥当的。主要客体和次要客体不应属于同一性质或同一领域的社会关系，而应指向不同性质或不同领域的社会关系。如侵犯的是复杂客体，其中主要客体是公私财产权，次要客体是公民的人身权利。公私财产权和公民的人身权利分别体现了不同性质或领域的社会关系。我国目前还没有专门的证据法典，有关运用证据的法律规则一般被称为“证据制度”。“证据制度是指法律规定的关于在诉讼中如何收集证据、如何审查和判断证据、如何运用证据认定案情的制度和规则体系。其主要内容包括什么是证据，哪些主体应当提出证据，怎样运用证据进行诉讼，诉讼中的证明应当达到什么标准和程度等。”中国主流的诉讼理论将刑事诉讼、民事诉讼和行政诉讼都视为一种认识活动，这种认识活动的最终目标在于运用证据，查明案件事实的客观真相，从而为正确适用刑法、民法、行政法等实体法律规范奠定基础。而有关证据运用的活动作为重要的诉讼活动，当然是这种认识活动的重要环节。从这个意义上说，证据制度是从属于诉讼活动的，两者体现了同一领域的社会关系。但前已述及，主要客体和次要客体应指向不同性质或不同领域的社会关系，因此，认为妨害作证罪侵犯的主要客体是司法机关的诉讼活动，次要客体是证据制度也是不妥当的。
我们认为，本罪的直接客体是简单客体，即司法机关正常的诉讼活动。
司法机关在一国经济、政治、社会生活中具有极为重要的地位。它体现着国家的司法权威，更是维护社会公正，保障公民权利的最后一道屏障。，而司法机关的主要职责便是主持、参与各类诉讼活动，诉讼活动能否正常进行事关司法权威的维护、公民权利的保障。妨害作证罪则对司法机关正常的诉讼活动造成了极大的破坏。根据刑法规定，本罪的行为方式有两种：阻止证人作证和指使他人作伪证。证人虽然不是当事人，和诉讼结果没有直接的利害关系，但却是诉讼活动中一类重要的诉讼参与人。在很多案件中，证人所作的证言对于案件的准确定性、双方当事人权利义务的划分等起着至关重要的作用。而且，1996年修订的新刑事诉讼法对庭审方式作了较大改动，变纠问式诉讼为抗辩式诉讼，证人的作用显得更为重要。而阻止证人作证的行为使证人无法向司法机关提供证言，致使有些案件久拖不决，耗费了有限的司法资源，严重妨害了正常的诉讼活动，损害了当事人的合法权益。指使他人作伪证是指指使证人、鉴定人、记录人、翻译人以及其他知道或不知道案件情况的人向司法机关提供与案件真实情况不符的证明、鉴定、记录、翻译和其他各类证据。这类行为在司法实践中更为常见，在某种程度上，其社会危害性更为严重。它使司法机关赖以定案的证据存在严重瑕疵甚至与事实完全相反，法院据以所作判决的准确性可想而知。而且伪证行为极易造成冤假错案，损害当事人合法权益，严重妨害正常的诉讼活动。特别是在一些刑事案件中，行为人指使他人在人民法院一审开庭甚至二审开庭期间违背事实改变原来作的证言，致使检察机关补充侦查、案件延期审理或者案件被发回原审人民法院重新审判，造成司法资源的极大浪费。针对这些情况，我国三部诉讼法对妨害作证行为均作了明文规定，视其情节分别处置，严重者应追究刑事责任。为与相关规定相衔接，保障司法机关诉讼活动的正常进行，刑法规定本罪实属必要。
需要指出的是，这里所讲的司法机关不仅包括人民法院、人民检察院，也包括在刑事诉讼活动中行使侦查权的公安机关。与之对应，这里所讲的司法机关的诉讼活动，具体来说，包括了公安机关对刑事案件的立案侦查活动，人民检察院对刑事案件的侦查、审查起诉活动及对民事、行政案件的抗诉活动，人民法院对各类案件的审判活动等所有由人民法院、人民检察院、公安机关主持或参与的和人民法院审理各类案件有关的诉讼活动。基于这一观点，我们认为，采用暴力、威胁、贿买等方法阻止证人向司法机关以外的机关、单位、个人提供证言或指使他人向司法机关以外的机关、单位、个人作伪证的不能构成本罪。但是，在这些机关、单位、个人中有一类人——律师比较特殊。如果行为人采取暴力、威胁、贿买等方法阻止证人接受律师的调查取证或指使他人向律师作伪证的，应该如何处理呢?有学者在论及阻止证人作证时提出，阻止证人作证在刑事诉讼中，通常表现为阻止证人接受公安、检察、法院等司法机关的调查、询问，以及阻止证人出庭作证。在民事、经济和行政诉讼中，则大多表现为阻止证人接受当事人委托的律师的调查、询问，以及阻止证人出庭作证。即该学者认为，阻止证人接受律师的调查取证可以构成本罪。我们不赞同该学者的观点，认为对此情形不能一概而论。刑事诉讼法第37条第1款规定：“辩护律师经证人或者其他有关单位和个人同意，可以向他们收集与本案有关的材料，也可以申请人民检察院、人民法院收集、调取证据，或者申请人民法院通知证人出庭作证。”第2款规定：“辩护律师经人民检察院或者人民法院许可，并且经被害人或者其近亲属、被害人提供的证人同意，可以向他们收集与本案有关的材料。”民事诉讼法第64条第2款规定：“当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审查案件需要的证据，人民法院应当调查收集。”《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第29条规定：“有下列情形之一的，人民法院有权调取证据：（一）原告或者第三人及其诉讼代理人提供了证据线索，但无法自行收集而申请人民法院调取的……”根据上述规定，我们认为，第一，对于阻止证人单纯向律师作证或指使他人单纯向律师作伪证的，不应构成本罪。这是因为，首先，本罪侵犯的客体是司法机关正常的诉讼活动，对其他诉讼参与人所参加的诉讼活动的妨害不能构成本罪。其次，这样处理并不会明显地妨害律师正常的调查取证工作。因为如果律师不能正常取证的话，可以申请人民法院调取证据。第二，若律师经人民检察院或人民法院的许可调查取证甚至已取得“准许调查书”，而行为人仍采取暴力、威胁、贿买等方法阻止证人向律师作证或指使他人向律师作伪证的，应视为对司法机关正常诉讼活动的妨害，可以构成本罪。