妨害国境卫生检疫罪是指违反国境卫生检疫规定，引起检疫传染病的传播，或者有引起检疫传染病传播的严重危险的行为。两罪存在一些相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都可能引起某种严重危险，主体要件相同，在主观方面都表现为故意。但两者毕竟是不同的犯罪，主要区别在于：（1）犯罪的直接客体不同。前者侵害的是国家关于传染病防治的管理秩序；而后者侵害的是国家国境卫生检疫的管理制度。（2）客观要件不同。前者是违反了传染病防治法的有关规定的行为；而后者是违反了国境卫生检疫法的有关规定的行为。（3）法律规定的具体对象不同。前者的行为引起的危险的对象是甲类传染病即指鼠疫、霍乱等；而后者行为引起的危险的对象是检疫传染病，包括鼠疫、霍乱、黄热病、天花、爱滋病等传染病，范围比甲类传染病广。