检察院在审查起诉阶段，一般会进行与案件有关的各项审查，在查清案件事实后，有以下两种处理方式：一是认为的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，符合起诉条件，决定向人民法院提起诉讼；二是认为不具备起诉条件，不能向人民法院提起诉讼，而选择退回侦查部门补充侦查或者自行补充侦查。经过两次补充侦查仍然无法查清犯罪案件事实，便会作出不起诉决定或者撤销案件。