在刑事案件中，如果双方和解达成协议，可以向法院提出申请撤诉。但是，法院也需要考虑到社会公共利益和保护犯罪被害人的权益等因素，判断是否同意撤诉。

【法律解析】

刑事案件中，双方和解指被害人或其亲属同意对或被告人的行为给予谅解，达成协议并放弃报复权利的行为。在刑事案件中，双方和解虽然不能完全排除犯罪行为的社会危害性，但是也有一定的作用。因此，一些刑事案件的当事人可能会选择和解，以达成双方满意的协议。在和解达成协议后，双方可以向法院提出申请撤诉。根据《中华人民共和国》规定，被害人、被代理人和其他诉讼参与人有权随时向人民法院撤回起诉状。如果申请撤诉符合法律规定，法院应当依法裁定撤诉。需要指出的是，法院在考虑是否同意撤诉时，需要综合考虑社会公共利益、保护犯罪被害人的权益以及案件的实际情况等因素。如果犯罪行为具有较高的社会危害性，或者和解协议中存在瑕疵或不合理之处，法院可能会不予同意撤诉。此外，对于一些犯罪行为，如涉及严重暴力、恐怖活动、危害国家安全等，法院不支持双方和解，并不允许撤诉。总之，在刑事案件中，双方和解达成协议后，可以向法院提出申请撤诉，但是法院需要综合考虑多种因素来决定是否同意撤诉。

【法律依据】

《中华人民共和国》第三条　【罪刑法定】法律明文规定为犯罪行为的，依照法律定罪处刑;法律没有明文规定为犯罪行为的，不得定罪处刑。